يحكي فيلم ويندي وأخويها عن عـائلـة «دارلنج» المكونة من الأب «جورج» والأم «مـيري» و الأولاد «ويـندي» و «جـون» و «مـايكـل» الذين يقطنون أحد القصور في لـندن، فيما تقع مشاكل كبيرة بين الأب والأم تجاه «ويندي» التي أصبحت في سن المراهقة.
ومع ذلك مازالت «ويـندي» تقرأ القصص الخيالية على أخويها «جون» و«مايكل» اللذين تأثرا بها وأصبحا يطبقانها، كقصة «بيتر بان» ،الولد الذي يطير ويعيش في أرض الأحلام مع الأولاد التائهين والهنود الحمر وحوريـات البحر القراصنة بزعامة الشرير هوك والذي قطع يده بيتر بان.
هنـا قرر الأب «جورج» أنه لابد أن تكبر ويندي، وأن يكون لديها غرفتها المستقلة بينما ويندي لا تريد أن تكبر حتى تعيش طفولتها للأبد دون تحمل أية مسؤولية.
وأثناء خروج الأب والأم لحضور إحدى الحفـلات، وبينمـا كان الأولاد نائمين، ظهر بيتر بـان بصحبة «تينكربيـل» ودخل من خلال النافذة ليلاحق «ظـلـه»، وهنـا استيقظت «ويندي» لتكتشف أن بيتر بـان حقيقة و ليس خيالا وساعدته على خياطة «ظله».
وعـرف بيتـر بـان قصـة خلافات ويندي مع عائلتها فعرض عليها أن تذهب معه الى «أرض الأحلام - نيـفرلانـد» ولكن ويندي ترددت كثيرا وبـعد مداولات قررت ويندي وأخويها أن يعيشوا في أرض الأحلام حتى لا يكبروا أبدا.
وفي أرض الأحلام رأت ويندي وأخويها ما تخيلوه تمامـا، وعرّف بيتر بان الأولاد التائهين بويندي التي جعلها أماً لهم.
وفي هذه الأثناء كان القرصان «هوك» و مسـاعده «سمي» يدبران خطة لكي يقضي على بيتر بان انتقاما منه على قطع يده و المشكلة أنه لا يعرف مكانه في أرض الأحلام حيث بحث عنه في كل مكان، وتحدث عدة مناوشات بين بيتر بان والقراصنة من بعيد.
وهنا اشتعلت نار الغيرة في «تينكربيل» حيث قامت «ويندي» بسحب الأضواء تجاههـا فتـركـتهم، بـعـد ذلـك قـام «هوك» بمصيدة لكي يوقع بـ«بيـتر بـان» وكـان ذلك باختـطـاف ابـنة زعـيم الـهنـود الحـمر «تـايجر ليلي» و بالفعل تم اختطافها لكي يعتقد الهنود الـحمـر أن المختطفين هم الأولاد التائهون وهنا يحدث سوء تفاهم فيقوم الهنود الحمر باختطاف الأولاد التائهين بما فيهم «جون» و «مايكل».
واحتفل الهنود الحـمـر بعـودة «تايجر ليلي» مع «بيتر بان» و «ويندي» و «جون» و «مايكل» و الأولاد التائهين، وبينما كانت «تنكربيل» تراقب الحفل من بعيد وهي في حالة حزن شديدة، استغل «سمي» ذلك وقام باختطاف «تينركبيل» .. و بطريقة ما استطاع «هوك عن طريق مـكره، أن يعرف مكان بيـتربـان من «تينك» و كـانت هـذه خـطة للقضـاء عـليـه وبعدها قام «هوك» بسجن «تينركبيل» .
تـمت عـمـليـة اختـطاف الجميـع بنجاح و هدوء تـام عدا بيتربان الذي تركه «هوك» في مقره السري ووضع قنبلة موقوتة حتى تنفجر، وهنـا اعتقد «هوك» أنه حقق حلمه بالقضاء على بيتربـان ولكن «تينركبيل» استطاعت أن تهرب من السجن و حذرت بيتربـان الذي هرع لمساعدة أصدقـائه، وبعد مبارزة بين «هوك» و «بان»، استطاع «بان» النصر بالقاء هوك في البحر و تبـعـه الـتمسـاح و قـام القـراصنة بانقـاذ «هوك» من التمسـاح .
وهنـا قررت «ويندي» أن تعـود إلى البـيـت مع أخويها؛ فقـام «بـان» بتوصيلهم و مودعـا لـهـم على أمل أن يـلقـاهم مـرة أخرى يـومـا مـا ..
وعـند عـودة الأب والأم من الاحتـفال، قصت «ويندي» و أخواها ما حدث لهم في أرض الأحلام، وهنا أخذهم الآباء على قدر عقولهم، وقررت ويـندي أنـه ليس هنـاك أفضل من الحياة الطبيعية و قررت وقتهـا أن تـكـبر.